パワーコンディショナーの価格は最大定格出力が高く、変換効率の良い製品ほど高くなる傾向があります。一般的に販売されている出力は3.0kW、4.0kW、5.5kWであり、これよりも規模の大きな発電を行う場合は複数台用意して組み合わせて使用します。相場としては安いものでは25万、高いものでは50万程度します。初期投資費用を抑えるために、発電規模に合ったものを選ぶ必要があります。

価格の比較をする際に、パワーコンディショナー単体ではなく太陽光発電システム全体を見なければならない場合もあります。太陽光発電システムをセットで販売しているメーカーの製品の場合、他社製品と差を付けるための独自制御が入っていることが少なくないため、ここに他社製品を混ぜてしまうと動作しなくなることがあります。ただし、他社製品と合わせることが前提で動作確認されているパワーコンディショナー専門メーカーのものであれば単体の価格で比較できます。ソーラーパネルの使用枚数を通常よりも増やす過積載を行うことで最大定格出力の低いパワーコンディショナーを使って価格を抑える方法もあります。

最大発電量が最大定格出力を超えない一般的な使用方法では、余剰に発電されることによるロスはありませんが、発電量が最大定格出力を下回って有効活用できていない時間が長くなります。パネルの枚数を適切に調整することで、余剰発電によるロスを差し引いても発電効率が高くなります。この場合はパワーコンディショナーの価格だけでなく、どの程度の過積載まで対応しているか比較が必要です。